
Saat ini ia bermain untuk Atletico Choloma, mengenakan kaus bernomor 4. Ia bermain terutama sebagai Gelandang.
Dalam 29 penampilan di Divisi Pertama Honduras 2025-2026, Jhonatan Córdova mencatatkan 0 gol dan 0 assist, sambil menyelesaikan 0 umpan kunci dari total 0 umpan dengan akurasi passing -.
