Saat ini ia bermain untuk Carl Zeiss Jena, mengenakan kaus bernomor 24. Ia bermain terutama sebagai Gelandang. Kaki yang diutamakan adalah Kanan. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 50K €.

Perpindahan terakhirnya adalah dari Carl Zeiss Jena U19 ke Carl Zeiss Jena pada 2024-06-30.

Dalam 19 penampilan di Liga Regional Jerman 2025-2026, Jannes Werner mencatatkan 0 gol dan 0 assist, sambil menyelesaikan 0 umpan kunci dari total 0 umpan dengan akurasi passing -.