
Actualmente juega para el Atlético Choloma, con el dorsal 4. Juega principalmente en la posición de Centrocampista.
En 29 presencias en la temporada 2025-2026 de la Primera División de Honduras, Jhonatan Córdova registró 0 goles y 0 asistencias, además de completar 0 pases clave de un total de 0 pases con una precisión de pases de -.
