Atualmente joga pelo NK Lokomotiva Zagreb, com a camisa número 3. Atua principalmente como Defesa. Valor de mercado atual: 100K .

Última movimentação: Empréstimo do Kustosija para o NK Lokomotiva Zagreb em 2026-06-29.

Na Liga Jovem da UEFA 2024-2025, Filip Markanović jogou 5 jogos, média de 0 desarmes, 0 interceptações e 0.2 limpesas por jogo, além de 0.2 remates bloqueados.