Na seleção, defende a Argentina Feminino Sub-20. Atua principalmente como Defensor.

Na Sul-Americano Feminino Sub-20 da CONMEBOL 2026, Agustina Maldonado jogou 5 jogos, com média de 0.4 desarmes, 1.6 interceptações e 3.2 limpadas por jogo, além de 0 chutes bloqueados.