Saat ini ia bermain untuk NK Lokomotiva Zagreb, mengenakan kaus bernomor 3. Ia bermain terutama sebagai Bek. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 100K .

Perpindahan terakhirnya adalah Pinjaman dari Kustosija ke NK Lokomotiva Zagreb pada 2026-06-29.

Sepanjang Liga Pemuda UEFA 2024-2025, Filip Markanović tampil dalam 5 pertandingan, dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, dan 0.2 sapuan per pertandingan, serta memblokir 0.2 tembakan per pertandingan.