Di tingkat internasional, ia mewakili Makedonia Utara U17 (w). Ia bermain terutama sebagai Penyerang.

Pada musim Kejuaraan Wanita Eropa U19 2025-2026, Emili Mitkovska mencetak 1 gol dan memberikan 1 assist dalam 3 penampilan, dengan rata-rata 0.3 gol per pertandingan dari 0 percobaan tembakan dan 0 tepat sasaran.