Actualmente juega para el NK Lokomotiva Zagreb, con el dorsal 3. Juega principalmente en la posición de Defensor. Su valor de mercado actual se estima en 100K .

Su último movimiento fue un Préstamo del Kustosija al NK Lokomotiva Zagreb el 2026-06-29.

Durante la temporada 2024-2025 de la Liga Juvenil de la UEFA, Filip Markanović participó en 5 partidos, con un promedio de 0 entradas, 0 intercepciones y 0.2 despejes por partido, además de bloquear 0.2 tiros por partido.